Zum 1. Januar 1999 wurde die steuerliche Förderung für die Seeschifffahrt im Seeschifffahrtanpassungsgesetz (§ 5 a EStG) neu geregelt. Diese wurde als „Tonnagesteuer“ bezeichnet. Ziel der Tonnagesteuer ist eine Stärkung des Schifffahrtsstandortes Deutschland, verbunden mit der Sicherung der Arbeitsplätze.

Bei der  Tonnagesteuer handelt es sich nicht direkt um eine Steuer, sondern eigentlich um eine Einkünfteermittlung. Diese Ermittlung der Einkünfte erfolgt nach dem Raumgehalt des Schiffes (Nettoraumzahl) und nicht wie bei der Regelbesteuerung durch den Betriebsvermögensvergleich. Damit wird die steuerliche Bemessungsgrundlage unabhängig vom tatsächlichen Ergebnis des Schiffes festgestellt. Der nach der Tonnagesteuer ermittelte Gewinn ist relativ niedrig.

Doch um die Tonnagesteuer nutzen zu können, hat die Schifffahrtsgesellschaft folgende Voraussetzungen zu erfüllen:

• Betrieb eines Handelsschiffes im internationalen Verkehr
  
  

• Bereederung und Geschäftsleitung im Inland
  
  

• Unwiderruflicher Antrag der Schifffahrtsgesellschaft

Es ist nicht nötig, dass das Schiff eine deutsche Flagge führt. Seit Ende 2005 gibt es auf dem Markt der Beteiligungen nur noch so genannte reine „Tonnagesteuerfonds“. Diese Fonds sind von Beginn an zur Tonnagesteuer optiert. Im Gegensatz zu den vor Ende 2005 üblichen „Kombimodellen“, die in den ersten Jahren negative steuerliche Ergebnisse erzielen konnten und dann zur Tonnagesteuer wechselten, können beim reinen Tonnagesteuerfonds keine anfänglichen negativen steuerlichen Verluste berücksichtigt werden, dafür erhält man im Gegenzug von Beginn an nahezu steuerfreie Ausschüttungen und kann beim Verkauf des Schiffes den Veräußerungserlös steuerfrei vereinnahmen. Die Festsetzung und Versteuerung eines Unterschiedsbetrages entfällt.