Auch für die Tonnagesteuer ergeben sich Änderungen. Schiffe, die vor dem 1.1.2006 angeschafft oder mit deren Herstellung begonnen wurde, gilt das "alte" Recht. Sofern der Übergang zur Tonnagesteuer gewünscht ist, muss der Antrag spätestens für das Jahr 2007 gestellt werden.

2004 wird also das letzte Jahr sein, in dem Schiffe auf den Markt gebracht werden können, die negative steuerliche Ergebnisse für drei Jahre (2004-2006) haben und anschließend in die Tonnagegewinnbesteuerung wechseln können.

Schiffe des Jahres 2005 können nur noch für das Emissionsjahr 2005 und 2006 Verluste geltend machen, Schiffe des Jahres 2006 haben dann nur noch ein "Verlustjahr".